Existe um método para fazer isso em um servidor de escuta que GameSpy descreve criando um arquivo .cfg e, em seguida, executando esse arquivo de configuração do console no jogo completo. Esse artigo também tem um exemplo .cfg que você pode editar se quiser opções diferentes das usadas.
Os arquivos de configuração devem ser colocados em baseq3, que é um subdiretório do diretório de instalação principal do Quake 3. Provavelmente haverá outros arquivos .cfg aqui. Você pode nomeá-los como quiser, você só precisa lembrar desse nome ao executá-los no console.
O tutorial do GameSpy usa comandos do console para adicionar bots ao jogo, mas acredito que você poderia apenas com a mesma facilidade, copie esses comandos do console para um arquivo cfg. Se você quiser ficar ainda mais sofisticado, pode executar o Quake 3 .exe com opções de linha de comando para carregar automaticamente sua configuração na inicialização. (ou seja, quake3 + exec my_listen_server.cfg)
No entanto, nem todas essas coisas podem ser totalmente suportadas na versão "cliente" do Quake 3. Você pode querer considerar a configuração de um console de servidor dedicado, mesmo que você apenas vá se conectar a ele da mesma máquina. O servidor dedicado é projetado mais para ser script e automatizado, e usá-lo pode ser uma escolha melhor se você estiver se aprofundando em arquivos de configuração e opções de linha de comando. Se faz sentido ou não investir o esforço adicional depende de qual é o seu objetivo final com o jogo.